Zbog svojih gospodarskih moguænosti i prometno-zemljopisnog položaja, Panonija je od najstarijih vremena bila naseljena. Ovim prostorom pružaju se znaèajne prometnice još u rimskim vremenima. Uz njih nastaju i znaèajni rimski gradovi poput Murse (Osijek), Sopianae (Pecs) i dr. Ovo podruèje je imalo status rimske provincije, kasnije dijeljene na manje upravne cjeline. Meðu Slavene, koji su nakon velikih seoba naroda naselili velika podruèja Panonske nizine, doseljavaju se kasnije pridošli Maðari. Maðari, koji su naselili velike ravnice srednjeg Podunavlja, postaju najjaèa politièko-državna zajednica, koja je u 12. stoljeæu uspjela ovladati èitavim panonskim prostorom. Turska osvajanja u 16. st. prekidaju maðarsku politièku prevlast. Nakon ratova krajem 17. i poèetkom 18. stoljeæa, nakon likvidacije turske prevlasti, Maðarska u zajednici s Austrijom (kasnije Austro-Ugarska) ponovo ovladava ovim podruèjem.
Nakon raspada Austro-Ugarske 1918., ovaj, do tada jedinstveni državno-pravni prostor, podijeljen je izmeðu država koje nastaju na njemu (Maðarska, Jugoslavija te rubni dijelovi Austrija, Rumunjska, Èehoslovaèka). Raspadom Jugoslavije 1991. godine na jugoslavenskom državnom prostoru panonske nizine nastaju nove države: SR Jugoslavija, Republika Hrvatska te Bosna i Hercegovina.